Nazwa wsi Wara wywodzi się od starosłowiańskiego appellativum var(a), który oznacza wodę. 2 lipca 1391 roku Piotr Kmita, tytułując się dziedzicem Wiśnicza i Bachórza, wydał w Bachórzu przywilej na lokację wsi Wara nad potokiem o tej samej nazwie. Dokument lokacyjny Wary ustanawiał sołtysem Sandka, który otrzymał prawo lokacji miejscowości na 100 łanach frankońskich na prawie niemieckim. Przywilej lokacyjny wymienia imię zasadźcy-sołtysa, niejakiego Sandka.
W początkowych dziejach Wara była w posiadaniu rodu Kmitów: Piotra i jego syna Piotra Lunaka. Piotr Lunak wydzierżawił Warę Przecławowi Śreniawie ze Wzdowa za 160 grzywien. Małgorzata Mościcowa z Dynowa sprzedała wieś Krystynowi Śreniawie za 100 grzywien, ale z prawem odkupienia. W układzie tym zapisano, iż po śmierci Krystyna, jego synowie będą posiadać Warę przez okres sześciu lat. Po tym czasie mają ustąpić po zapłaceniu przez Małgorzatę 100 grzywien. Jeśliby tego nie uczyniła, Śreniawici po zapłacie 200 grzywien mieli otrzymać wieś na własność. Umowa zezwalała Krystynowi wycinać i sprzedawać drzewo z lasów warskich.
W 1455 roku na Uniwersytet Krakowski zapisał się Stanisław, syn Krystyna z Wary, płacąc 5 groszy wpisowego, zaś w 1462 roku Maciej, syn Grzegorza z Wary, płacąc 4 grosze wpisowego.
Po śmierci Krystyna jako właściciel wsi pojawił się jego syn Jan w 1483 roku. W tym samym czasie źródła wymieniają Annę Śreniawę jako dziedziczkę, która była żoną Jana. W 1497 roku Anna Śreniawina (wdowa po Janie) sprzedała młyn w Warze za 5 grzywien Stanisławowi Moszczygłowiczowi. Jako ostatnia ze Śreniawitów
w Warze wymieniona jest pod rokiem 1505 Jadwiga, córka Jana a żona Andrzeja Klokowskiego.
Po śmierci Małgorzaty Mościcowej (1464 r.) jej majątek przejął syn z pierwszego małżeństwa Stanisław Denowski. Stanisław zmarł w 1475 roku, a spadek po nim przejął jego syn Jan Denowski. Jan zmarł w 1493 roku, nie zostawiając potomka – wobec czego posiadłości jego przejęli prawem pokrewieństwa synowie siostry jego ojca Stanisława, Anny i jej męża Filipa z Żerkowa i Zaniemyśla, kasztelana międzyrzeckiego. Byli to Mikołaj i Piotr Rzeszowscy herbu Doliwa. W roku 1496 wspomniani bracia sprzedali dobra dynowskie, m.in. Warę Janowi Amorowi z Tarnowa. W niedługim czasie Jan Amor ofiarował uzyskane dobra dynowskie swemu synowi Janowi Amorowi Młodszemu. W 1523 roku Jan Amor Młodszy sprzedał Dynowszczyznę braciom Piotrowi i Hieronimowi Wapowskim oraz ich bratu stryjecznemu Mikołajowi Wapowskiemu. W 1532 roku Piotr Wapowski, dziedzic na Pacanowie i Dynowie, stolnik sanocki, dokonał zastawu wsi Wara na rzecz Jana z Tęczyna, kasztelana i starosty lubelskiego oraz marszałka nadwornego za kwotę 300 zł. Spadek po Piotrze Wapowskim odziedziczył jego syn Jędrzej, podkomorzy sanocki. Zmarł on w 1574 roku. Jędrzej pozostawił żonę Katarzynę i syna Stanisława. Wymieniony Stanisław został pełnoprawnym właścicielem wsi Wary. 11 marca 1622 roku zebrał się w Warze sąd wiejski z rozkazania Stanisława Wapowskiego. Regestr podatkowy z 1663 roku wymienia Wapowskich jako właścicieli wsi Wara. W 1644 roku bracia Wapowscy: Mikołaj Krzysztof i Jan Karol sprzedali klucz dynowski, m.in. Warę Olbrachtowi Grochowskiemu. Wspomniany Olbracht sprzedał swój majątek w roku 1667 Marcinowi Konstantemu Krasickiemu, kasztelanowi i podczaszemu przemyskiemu.
Jak wzmiankują XVI- i XVII-wieczne regestry podatkowe, Wara była niewielką wsią, liczącą 3–5 łanów (108 ha).
Kolejnym właścicielem, który nabył Warę około 1669 roku, mógł być Konstanty Wolski. Na początku XVIII stulecia Wara mogła się stać częścią tzw. państwa lub obszaru Nozdrzec. Właściciele Nozdrzca stawali się równocześnie posiadaczami Wary.
W roku 1790 właścicielem Nozdrzca i Wary został Tadeusz Prek poprzez ożenek z Amelią hrabiną Ossoryą Bukowską, córką Mikołaja hrabi Bukowskiego. W 1872 roku Wara należała do powiatu brzozowskiego, sąd obwodowy mieścił się w Przemyślu, a sąd powiatowy i notariat w Dubiecku. Najbliższa poczta znajdowała się w Niewistce. Właścicielem wsi był Ludwik Skrzyński. Wieś zamieszkiwały 734 osoby. Wszystkich gruntów było 2,035 morgów niżno-austriackich.
W 1921 roku w Warze były 224 budynki mieszkalne. Miejscowość zamieszkiwało 1148 osób. Narodowość polską podawało 1095 mieszkańców, ruską – 49, żydowską – 3, inną – 1.
Kronika Szkoły Podstawowej w Warze podaje, iż cerkiew w Warze została postawiona za czasów króla Jagiełły, z prawego brzegu rzeki, naprzeciw teraźniejszej kaplicy św. Piotra. W 1593 roku cerkiew w Warze została zamieniona na kościół. Wzmianka o cerkwi pojawiła się w 1599 roku, gdy Szienko Pleczenczok sprzedał swoje gospodarstwo, które leżało „na nawsziu, przed cerkwią”. Z informacji zawartych w księdze sądowej wsi Wary trudno jest ustalić położenie cerkwi. Była ona pw. Krzyża Świętego. We wspomnianej kronice szkolnej zapisano:
W 1694(6) r. przeniesiono ją tu [cerkiew], gdzie teraz stoi. Trudno na podstawie tego opisu wywnioskować, czy cerkiew prawosławna z początków wsi i unicka z lat 90. XVII wieku to jedna i ta sama świątynia. Fundacja Katarzyny Wapowskiej jasno zaznaczała, iż cerkiew została przemianowana na kościół katolicki. Wynika więc z tego, że na przełomie XVII i XVIII wybudowano zupełnie nową cerkiew. Mogły więc we wsi funkcjonować dwa kościoły.
Nieznane jest również uposażenie cerkwi i jej umiejscowienie we wsi. Być może stała ona w miejscu, w którym obecnie znajduje się cerkiew wybudowana w 1889 roku. Z opisu w kronice szkolnej wynika, iż cerkiew ta mogła znajdować się około 100 m od obecnej. Od początku istnienia parafia Wara należała do dekanatu Bircza. Do roku 1785 Wara stanowiła samodzielną parafię unicką. W latach 1785–1786 zmniejszono liczbę unickich parafii, zwiększając liczbę filii kościelnych. Wskutek reformy cerkiew w Warze została przekształcona w filię i przyłączona do unickiej parafii w Hłudnie. W roku 1593 dziedziczka dóbr dynowskich Katarzyna Wapowska zamieniła cerkiew w Warze na kościół katolicki. Kościół w Warze został przyłączony jako filia do Nozdrzca. Pozostawiono mu dawny tytuł Krzyża Świętego. W roku 1745 biskup Wacław Sierakowski dokonał wizytacji kościoła. Sporządzono jego opis. Była to raczej kaplica, która znajdowała się w środku wsi. Nieznane jest dokładne jej umiejscowienie. Zbudowano ją z drewna, przykryto dachem gontowym, w środku dachu umiejscowiono kopułę. Drzwi do kościoła wykonano z drewna jodłowego, wewnątrz znajdował się obraz – krucyfiks namalowany na płótnie na mensie. Oświetlenie stanowiło siedem okien drewnianych. Podłoga wykonana z tarcic była w złym stanie. W 1755 roku podczas kolejnej wizytacji biskup Sierakowski stwierdził: Kościółek w Warze cały wszystek zły, na spalenie tylko naznaczony, na którego miejsce ma być nowo wybudowany sumptem plebana, który się do tego obligował i oświadczył się z tą deklaracją. Spis inwentarza z 1793 roku sporządzony w trakcie wizyty biskupa de Golasse Dąb Gołaszewskiego w parafii nozdrzeckiej nie wzmiankuje o jakiejkolwiek kaplicy w Warze.
Około 1899 roku Gmina Wara zdecydowała się zbudować własną szkołę. Budowę szkoły zakończono w 1904 roku. Była to składana buda o czterech ścianach, dwu oknach mało przepuszczających światła dziennego, powały, sieni wąziutkiej i dachu pokrytym słomą o nadzwyczaj wysokich krokwiach. Zewnątrz i wewnątrz, co słuszne, starannie wybielona. Szkoła w tej postaci nie odpowiadała żadnym wymogom. W tym samym roku przebudowano ją. W lipcu 1912 roku rozpoczęto budowę nowego budynku szkolnego, który ukończono w grudniu tegoż roku. Nowy budynek szkolny oddano do użytku 6 grudnia 1913 roku, a poświęcono uroczyście 22 maja 1914 roku. W dniach 22 i 23 września 1914 roku armia austriacka zajęła budynki szkolne, zamieniając je na kwatery wojskowe. W szkole rozlokowało się 50 oficerów na czele z gen. Schmittem oraz 200 żołnierzy. We wrześniu 1939 roku szkołę zajęli Niemcy. Natomiast 27 lipca 1944 roku placówka została zajęta przez wojska sowieckie. (źródło: Gmina Nozdrzec Przewodnik)
O powstaniu wsi Wara mówi O powstaniu tej miejscowości mówi również legenda, spisana przez mieszkankę wsi, S. Pękalównę: Do porośniętego tutaj boru zjechał uciekający przed gniewem rodziców młody panicz wraz z piękną Cyganką i garstką wiernej mu służby. Po kilku latach przyjechali tutaj Cyganie i obok dworku panicza , który się już tutaj zagospodarował, rozłożyli obóz. Od momentu ich przybycia, młoda małżonka panicza zmieniła się nie do poznania. Była zdenerwowana, niespokojna, często wymykała się z domu. Małżonekpostanowił śledzić żonę. Gdy pewnej nocy wymknęła się z domu, on podążył za nią i dotarł za małżonką na leśną polanę. To, co ujrzał, przeszyło jego serce niby strzała. Na zalanej światłem księżyca polanie jego ukochana czule witała się z młodym Cyganem. Rozpacz i duma jego przodków spowodowały, że nie namyślając się długo, wyciągną rusznicę i do zakochanej pary oddał kilka strzałów. Pierwszy padł Cygan, a potem Cyganka. Zakochany panicz jeszcze raz chciał spojrzeć w twarz swej ukochanej. Gdy się nad nią pochylił, zobaczył jej oczy wpatrzone w niego, a z ust jej usłyszał te słowa: „przebacz mi, przez tę miłość, która nas łączyła i na pamięć twoich przodków, nie czyń moim braciom nic złego, a ja ci śmierć moją przebaczę. A jeśli tego nie uczynisz, o co cię proszę, przeklnę cię na wieki” – to powiedziawszy, umarła. Po kilku latach panicz zmarł. Na miejscu, gdzie stał jego dworek, powstała maleńka wioska, która została nazwana Warą, od nazwiska pierwszego człowieka, który się tutaj osiedlił, a nazywał się Warron. Za wsią osiedlili się Cyganie. Góra, na której doszło do tragedii, nazywa się „Boża Męka”.